ადამიანის უფლებათა ევროპულ სასამართლო დაარსდა 1959 წელს ადამიანის უფლებების და ძირითადი თავისუფლებების ევროპული კონვენციის მოთხოვნის შესაბამისად.
1994 წლის 11 მაისს ევროპის საბჭომ მიიღო #11 ოქმი, რომლის მიხედვითაც ფიზიკურ პირებს, ადამიანთა ჯგუფებსა და არასამთავრობო ორგანიზაციებს მეცათ უფლება უშუალოდ სასამართლოს მიმართონ პეტიციით (საჩივრით). პროტოკოლი ძალაში შევიდა 1998 წლის 1 ნოემბერს.
ადამიანის უფლებათა ევროპულ სასამართლოში მოსამართლეთა რაოდენობა შეესატყვისება კონვენციის წევრი ქვეყნების რაოდენობას. სასამართლოს წევრებს ირჩევს საპარლამენტო ასამბლეა ქვეყნის მიერ წარდგენილი სამი კანდიდატიდან 6 წლის ვადით.
სასამართლო საჩივრებს განიხილავს კომიტეტებში (რომლებიც სამი მოსამართლისგან შედგება), პალატებში (7 მოსამართლე) და დიდ პალატაში, რომელშიც 17 მოსამართლეა გაერთიანებული.
პეტიციების პირველადი განხილვა კომიტეტებში ეწყობა. კომიტეტი განიხილავს საჩივრის მიღების შესაძლებლობას. გადაწყვეტილების მისაღებად აუცილებელია მოსამართლეთა ერთსულოვნება. თუკი პეტიცია მიუღებლად ჩაითვალა, შეუძლებელია მისი გასაჩივრება. თუ კომიტეტმა ვერ მიიღო ერთსულოვანი გადაწყვეტილება, მაშინ საქმე გადაეცემა პალატას, რომელიც საჩივრებს განიხილავს მათი შინაარსის მიხედვით.
დიდი პალატა განიხილავს სერიოზულ საკითხებს, რომლებიც დაკავშირებულია ადამიანის უფლებების და ძირითადი თავისუფლებების ევროპული კონვენციის ან დამატებითი პროტოკოლების განმარტებებთან, ან თუკი განაჩენი ეწინააღმდეგება სასამართლოს მიერ ადრე გამოტანილ დასკვნას.
კონვენციის წევრი სახელმწიფოები ვალდებულნი არიან შეასრულონ სასამართლოს გადაწყვეტილებები ნებისმიერ საკითხთან დაკავშირებით. სასამართლოს საბოლოო დასკვნა გადაეგზავნება მინისტრთა კომიტეტს, რომელიც განახორციელებს მისი შესრულების მონიტორინგს.